Biến động lịch sử và những bí ẩn vô tận, “Giả kim thuật sư: Người chinh phục Shamballa” tiếp tục lôi cuốn khán giả với hành trình đầy nghịch lý của Edward Elric. Sau khi chứng kiến ​​sự hủy diệt thảm khốc do Hiệp hội Thule gây ra, Edward buộc phải lạc lõng giữa thế giới hiện thực, xa cách người thân và người bạn tốt Alphonse. Mê mẩn với kỷ niệm về thế giới cũ, Edward miệt mài nghiên cứu kỹ thuật tên lửa, mong muốn phá vỡ ranh giới thời gian và trở về với thế giới lúc trước.

Trong lúc Edward đau đáu, Alphonse, người anh em đồng hành và tri kỉ, đã tìm thấy một người hỗ trợ bất ngờ. Dưới sự chỉ dẫn và giúp đỡ của từng người, Alphonse bắt đầu chế tạo con đạn xuyên thời gian – chiếc tên lửa mong ước. Thế nhưng, sau lưng cánh cửa êm đềm, âm mưu thâm độc của Hiệp hội Thule đang dần hé lộ. Chiến lược bí mật của tổ chức bí ẩn này, với mục tiêu biến đổi thế giới theo ý muốn, hứa hẹn mang đến những thử thách vô cùng khó khăn cho Edward và Alphonse. Liệu ước mơ trở về Shamballa có thể hiện thực hóa? Bên cạnh ước nguyện về sự đoàn tụ gia đình, một câu hỏi bấn loạn ẩn sau: Edward và Alphonse có thể chiến đấu ngăn chặn âm mưu tàn bạo của Hiệp hội Thule để bảo vệ thế giới hiện thực khỏi bi kịch?