Trong tương lai gần, trái đất trải qua một thảm họa khôn lường – nước biển dâng đột ngột phủ kín phần lớn nền văn minh, đẩy nhân loại vào cảnh ngộ khốn cùng. Ikaruga Natsuki, một cậu bé đã mất đi mẹ lẫn chân trong một tai nạn thương tâm, vật lộn với cuộc sống khắc nghiệt tại thành phố lớn. Mong muốn duy nhất của Natsuki là trở về ngôi nhà quê cũ, nơi năm tháng hoài niệm được khắc hoạ qua ký ức êm đềm. Nhưng hiện thực tàn khốc cướp đi tràn ngập thị trấn quê hương, nơi chỉ còn lại ký ức u hoài. Vô gia đình, thiếu thốn mọi thứ, Natsuki sở hữu duy nhất con tàu và tàu ngầm do bà nội hải dương học để lại cùng với những khoản nợ ngập tràn. Hy vọng duy nhất của cậu bé hiếu khách, người nỗ lực nắm bắt lại những giấc mơ đã thất thủ, nằm ở cơ hội nảy sinh từ Catherine – một người đòi nợ đầy bí ẩn. Hai người cùng nhau lên đường, tìm kiếm trong những tàn tích chìm dưới đáy biển cửa phòng thí nghiệm của bà nội Natsuki, nơi người ta mong chờ kho báu ẩn giấu. Vậy nhưng thay vì vàng bạc châu báu, họ phát hiện ra một cô gái kỳ lạ trong một quan tài, cô nằm bất tỉnh bên dưới lòng biển sâu. Đó là Atri, một người máy với vẻ ngoài sống động và nét mặt tràn ngập cảm xúc, khiến ai nấy đều lầm tưởng con người đang sống. Để biết ơn sự cứu rỗi của Natsuki, Atri thề: “Tôi muốn thực hiện mệnh lệnh cuối cùng của chủ nhân. Cho đến lúc hoàn thành, tôi sẽ là chân của cậu!”. Vào một thị trấn nhỏ bị đại dương bao phủ, mùa hè đầy thử thách và bí ẩn bắt đầu với cậu bé rèn mình và cô gái robot bí ẩn Atri.