Năm 2199, Trái Đất đang bế tắc trước sự tấn công bất ngờ và tàn khốc của đế chế Gamilas – kẻ thù đến từ vũ trụ xa xăm. Tướng lĩnh Gamilas sắc dá và tàn bạo, Abelt, đã khét tiếng khi cho gã vâng lệnh tàn sát vô số dân thường và phá hủy hàng loạt thành thị trên hành tinh của chúng ta. Tiếc cho nhân loại khi chẳng có vũ khí nào có thể chống lại sức mạnh của Gamilas. Bốn năm đã trôi qua kể từ khi cuộc chiến nổ ra, và giờ đây Trái Đất đứng trước bờ vực tuyệt diệt, chỉ còn có đúng một năm nữa trước khi rơi vào tay kẻ thù. Nhân loại khao khát một niềm hy vọng, một tia sáng mang đến cứu rỗi và chấm dứt sự cai trị tàn bạo của Gamilas. Trong vô vọng, một hy vọng bất ngờ bùng lên từ xa: hành tinh Iskanda, nơi được cho là lưu giữ công nghệ tối thượng có thể cứu Trái Đất. Có thể thấy được, đây là mục tiêu của “Chiến Hạm Vũ Trụ Yamato”, một con tàu vũ trụ được trang bị những hỏa lực khủng khiếp nhất, với niềm hy vọng cuối cùng của nhân loại. Dưới sự chỉ huy của Đô đốc Susumu Kodai, Yamato vượt qua 168.000 năm ánh sáng, một hành trình gian khổ và đầy rủi ro, tiến vào thế giới không gian rộng lớn để tìm kiếm công nghệ cứu vớt Trái Đất và đánh bại đế chế Gamilas. Mà trong hành trình đó, họ sẽ phải đối mặt với vô số hiểm nguy, bao gồm ma trận sao băng, sóng gợn năng lượng và cuối cùng là những cuộc chạm trán với hạm đội Gamilas hùng mạnh.