Dr. STONE hiện trở lại với mùa thứ ba đầy hứa hẹn, hứa hẹn mang đến những trận chiến trí tuệ và kiến trúc khoa học đỉnh cao. Câu chuyện được khởi động từ một sự kiện kỳ lạ: một ánh sáng xanh bí ẩn đã lôi cuốn toàn thế giới hoàn toàn vào giấc ngủ đá, quay trở lại thời nguyên thủy hai triệu năm. Ba nghìn tujuh trăm năm sau, Ishigami Qianku, một nhà khoa học thiên tài, thức tỉnh và nhận ra mục tiêu duy nhất của mình là tái tạo nền văn minh khoa học vĩ đại, cống hiến để giải phóng những người còn đang chìm trong giấc ngủ đá. Ngay lập tức, Qianku kết hợp trí tuệ và sự kiên cường với Senku, bạn thân cùng tham gia chuyến phiêu lưu tái hiện kỷ nguyên vàng của khoa học. Bằng khả năng phân tích, suy luận và sáng tạo vượt trội, Senku và đồng đội bắt tay vào việc với công nghệ thô sơ, tìm cách áp dụng tri thức khoa học để xây dựng nhà máy điện, luyện kim, sản xuất phân bón và nhiều phát minh mang tính cách mạng khác. Càng tiến sâu, thế giới đá ban đầu có vẻ yên bình lại dần lộ diện những vấn đề mới, những cuộc chiến quyền lực, những đối tượng nguy hiểm và những bí ẩn chưa được giải mã về lý do khiến thế giới rơi vào thảm họa hóa đá. Mùa thứ ba hứa hẹn khơi dậy những câu hỏi lớn về bản chất của khoa học, sự phát triển của loài người và ý nghĩa của sự sống trong một thế giới như thế này.