Kết thúc cơn đại chiến oanh liệt, một làn sóng xáo động mới đang trồi lên. Sau cú sốc lịch sử trong Mobile Suit Gundam SEED, thế giới bước vào kỷ nguyên C.E 75. Mặc dù hòa bình tưởng chừng đã đến, nhưng ngọn lửa xung đột vẫn không ngừng bụi bậm. Các phong trào giành độc lập khắp nơi cùng với những cuộc kích động vũ trang do Blue Cosmos gây ra đã khiến thế giới lâm vào vực thẳm. Trước tình hình này, Compass, tổ chức giám sát hòa bình quốc tế, được thành lập để dập tắt ngọn lửa chiến tranh, với Lacus Clyne, người đẹp tài năng, nhận nhiệm vụ trọng đại Tổng Thư ký đầu tiên. Chính trong bối cảnh căng thẳng và bất ổn đó, Kira Yamato cùng đồng đội quyết tâm xây dựng hòa bình trên nền tảng sự đối thoại và hiểu biết. Bên cạnh đó, Foundation, một nước trẻ đầy tham vọng, đã vạch ra chiến lược táo bạo: tấn công đầu não của Blue Cosmos. Với một kế hoạch nguy hiểm và hy vọng duy nhất, Team Freedom cùng Foundation sẽ lao vào cuộc chiến mới đầy bi kịch, mang đến một câu chuyện đầy ly kỳ về tình người, thứ vũ khí mạnh nhất mà không một lực lượng quân sự nào có thể bóp nghẹt được. Cuộc chiến phức tạp này sẽ đưa Kira và cộng sự phải đối diện với những khó khăn, lựa chọn nghiệt ngã, và chân lý đầy phũ phàng về hòa bình và cuộc sống.