Trong Star Trek: Chìm Trong Bóng Tối, phi hành đoàn USS Enterprise phải đối mặt với một mối đe dọa kinh khủng từ nơi họ không ngờ tới – chính từ bên trong tổ chức Starfleet. Mặc dù đã kiên cường bảo vệ hòa bình và công lý triền miên, nhưng giờ đây họ bị hoảng sợ bởi sự bội phản của một thế lực khủng bố ẩn núp trong tổ chức của mình. Lực lượng này có âm mưu khủng khiếp: sở hữu và sử dụng vũ khí hủy diệt hàng loạt có thể hủy diệt toàn bộ quỹ đạo hành tinh.

Thuyền trưởng Kirk, người đã chứng kiến vô số chiến tranh và hung bạo trong cuộc đời chinh phục vũ trụ, phải lãnh đạo phi hành đoàn trong một sứ mệnh nguy hiểm, đưa họ vào một hành trình truy kích trên một thế giới hoang dã, xa lạ. Mục tiêu của họ là bắt giữ tên tội phạm có thể biến cả vũ trụ thành hoang phế. Đội ngũ phi thương đã được huấn luyện xuất sắc nhất, dũng cảm và thông minh nhất, nhưng lần này, trước kẻ thù ẩn giấu trong bóng tối, họ phải đối mặt với những thử thách chưa từng có. Sau khi trải qua những trận chiến đen tối và phân vân trước những bí mật đáng sợ, hòng giữ an ninh cho hòn ngọc vũ trụ này, Kirk phải tìm cách đối phó với thế lực hủy diệt đang rình rập và chế ngự nỗi sợ hãi của chính bản thân mình. Trong tấn biễn chiến tranh thiên địa này, Star Trek: Chìm Trong Bóng Tối không chỉ đưa người xem tận thế giới hành tinh xa xôi, mà còn cho thấy phía sau sự kiên cường và lý tưởng của Starfleet, những cái bóng tối và hiểm ác đang âm mưu bao trùm toàn bộ vùng cõi nhân loại.