Bộ phim lấy bối cảnh tại thời điểm Nhật Bản đang tất bật chuẩn bị cho Thế vận hội Tokyo, một sự kiện mang tầm cỡ toàn cầu. Giữa không khí hối hả ấy, hàng loạt vụ bắt cóc bí ẩn liên tiếp xảy ra, và đoàn tàu siêu tốc tuyến tính sử dụng công nghệ ống chân không với vận tốc lên tới 1000 km/h – niềm tự hào công nghệ mới ra mắt – bất ngờ trở thành hiện trường hoàn hảo cho một âm mưu tội ác kinh hoàng. Trước tình hình căng thẳng, cả FBI và gia đình Akai buộc phải nhập cuộc điều tra. Câu chuyện xoay quanh gia đình Akai – một gia đình đặc biệt với vô số mối liên hệ phức tạp đến tổ chức Áo Đen bí ẩn, do một “ông trùm” giấu mặt cầm đầu. Người mẹ – Mary – bị teo nhỏ trong hoàn cảnh tương tự như Conan và Haibara, trở thành một bí ẩn lớn cần được giải đáp. Người con cả – Akai Shuichi, kẻ được mệnh danh là “Viên đạn bạc” của tổ chức Áo Đen, thực chất là một đặc vụ FBI ngụy trang để thâm nhập vào tổ chức. Người anh thứ hai – Haneda Shukichi, kỳ thủ shogi tài năng, được một gia đình giàu có nhận nuôi. Trong khi đó, cô em út – Sera Masumi, nữ thám tử trung học sắc sảo – đã bắt đầu điều tra nguyên nhân khiến mẹ mình bị teo nhỏ, đồng thời chuyển đến ngôi trường nơi Ran đang theo học để tìm lời giải cho những nghi vấn liên quan đến Shinichi Kudo.